El Museo del Hongo nace a fines del 2016 con su primera exposición en el Barrio Matta, Santiago, donde se reunieron más de 15 proyectos de artistas y científicos nacionales.

El 2018, se presenta una nueva exposición en el Museo de Arte Contemporáneo de Valdivia, con la participación del artista Iván Navarro y actores locales. El 2018 también se presentaron exposiciones en el Castillo Hidalgo, en el contexto del 4to Encuentro de Arte y Ciencia organizado por la Corporación Chilena de Vídeo, en Galería Réplica, Valdivia, en el contexto de la Semana de la Biofabricación, organizada por BioFab Lab FADEU UC, y en Casa O de Lastarria, en el marco del programa Museos de Medianoche del Ministerio de las Culturas, las Artes y el Patrimonio.

El 2019 se presentaron exposiciones y obras en iF Blanco Recoleta, Santiago, en el festival de hongos de Telluride, Colorado, EE.UU., en el Museo Benjamín Vicuña Mackenna, Santiago, en el contexto de la 14 Bienal de Artes Mediales de Santiago, y también en el zócalo del MAC Parque Forestal, en el marco de la Semana de la Ciencia, organizada por el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.

El año 2020 se presentó la primera exposición virtual del Museo en el marco del festival Ars Electronica, a través del concurso impulsado por el Ministerio de las Culturas y el Ministerio de Relaciones Exteriores. También ese año, el Museo participó de forma virtual en la Semana de la Ciencia de Berlín.

El año 2021, el Museo participó en su primera exposición presencial en el extrajero en el Centro de Cultura Contemporánea de Barcelona y lanzó su segunda exposición virtual GIRA, accesible para la comunidad sorda de Chile. El mismo año, se presentó en el MAC Parque Forestal en la exposición Futuro Concreto, una segunda participación en la Semana de la Ciencia de Berlín, y también en el encuentro de prácticas artísticas Indisciplinas, organizado por la Universidad Austral de Chile.